Tenemos este interesante USB hack de TechOat. El concepto es modificar la caja de energÃa en tu computadora y transformarla en un botón de encendido y apagado de las comunicaciones USB.
La premisa es desensamblar los puertos y cables USB y tejerlo en un circuito para bloquearlo en tu PC. Creo que la foto puede explicarlo mejor:

Lo que me gusta (Greg) de este USB hack, es el requerimiento fÃsico de necesitar una llave para que los puertos USB trabajen. Este tipo de seguridad  [más divertida que practica] para dispositivos USB en general es mucho mejor que una solución Truecrypt que solo protege el dispositivo pero no el sistema.
Lo que necesitas es:
Una pequeña memoria USB
Un cable extensión USB o un enchufe USB para conectar el cable
Un switch para bloquear DPST
Una caja de plástica
El resto del trabajo es manual, para un tutorial más detallado, entrar aquÃ.
